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Use este identificador para citar ou linkar para este item: http://hdl.handle.net/tede/400
Tipo do documento: Tese
Título: Abordagem computacional para identificação de marcadores moleculares e de seus ligantes com potencial aplicação no tratamento do carcinoma epidermoide de cabeça e pescoço.
Autor: Henrique, Tiago 
Primeiro orientador: Silva, Eloiza Helena Tajara da
Primeiro membro da banca: Silveira, Nelson José Freitas da
Segundo membro da banca: Cornélio, Marinônio Lopes
Terceiro membro da banca: Pavarino, Érika Cristina
Quarto membro da banca: Nogueira, Maurício Lacerda
Resumo: Introdução: A literatura científica sobre câncer tem crescido rapidamente nos últimos anos, o que torna difícil, se não impossível, a tarefa de recuperar e analisar manualmente as informações relevantes sobre os mecanismos que governam o processo neoplásico. Além disso, o câncer é uma doença complexa e sua heterogeneidade é particularmente evidente no câncer epidermoide de cabeça e pescoço (CECP), um dos tipos mais comuns de câncer em todo o mundo. Objetivos: Os objetivos do estudo foram (a) identificar genes/proteinas relacionados a CECP a partir de dados da literatura, (b) identificar ligantes que interajam eficiente e especificamente com alvos moleculares selecionados, (c) avaliar computacionalmente o complexo proteína/ligante e (d) avaliar a ação de ligantes na expressão gênica e no comportamento de células de carcinoma. Métodos: A busca de marcadores potenciais relacionados a CECP utilizou a mineração da literatura disponível publicamente, seguindo um fluxograma que incluiu seleção de artigos científicos no PubMed por termos MeSH, associação de artigos com genes/proteínas por meio do arquivo gene2pubmed, seleção de genes em bancos de dados externos e etapas de curação manual. As proteínas identificadas como sendo relacionadas a CECP que apresentaram envolvimento em processos inflamatórios foram submetidas a experimento de docking molecular para identificação de seus ligantes entre drogas disponíveis no mercado. Finalmente, o papel da piplartina, uma substância natural extraída da pimenta Piper longum com evidências de ação anti-inflamatória e antineoplásica, foi avaliado na proliferação, na migração e na expressão gênica de células neoplásicas. Resultados: Um total de 1370 genes relacionados a CECP foi identificado pela abordagem proposta, que mostrou especificidade de 74% e sensibilidade de 87%. A diversidade dos dados permitiu obter associações potenciais ainda não exploradas, revelando, por exemplo, que a resposta ao estímulo esteróide hormonal está significativamente enriquecida com genes relacionados a CECP. Os resultados também mostraram que a piplartina reduz a viabilidade e a migração celular e modifica o padrão de expressão de um painel de genes que atuam em processos inflamatórios. Conclusão: A abordagem empregada permite a identificação de genes relacionados à CECP e revela novas associações que merecem ser estudadas. O composto piplartina selecionado para estudos in vitro interage com alvos moleculares de forma semelhante à de medicamentos anti-inflamatórios conhecidos e é capaz de diminuir a proliferação e a migração celular e de alterar a expressão de genes relacionados à CECP e a processos inflamatórios.
Abstract: Introduction: The total amount of scientific literature on cancer has grown rapidly in recent years. This makes it difficult, if not impossible, to manually retrieve relevant information on the mechanisms that govern the neoplastic process. Furthermore, cancer is a complex disease, and its. Heterogeneity is particularly evident in head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC); one of the most common types of cancer worldwide. Objectives: The present study aimed: a) to identify genes/proteins related to HNSCC; b) to identify ligands that specifically target molecular biomarkers of interest; c) to evaluate computationally protein-ligand complexes and d) to evaluate the effect of ligands on gene expression and on carcinoma cell behavior. Methods: The search for potential markers related to HNSCC was performed by literature mining, following a flow chart that included selection of scientific articles in PubMed by MeSH terms, association of articles with genes/proteins through the gene2pubmed file, selection of genes in external data bases and manual curation steps. In order to identify potential ligands, proteins related to HNSCC and involved in inflammatory processes were used to perform molecular docking assays with known anti-inflammatory drugs. Finally, the role of piplartine, a substance extracted from the Piper longum with anti-inflammatory and antineoplastic effects, on proliferation, migration and gene expression was investigated in neoplastic cells. Results: The curated gene-to-publication assignment yielded a total of 1,370 genes related to HNSCC, with specificity of 74% and sensibility of 87%. The diversity of results allowed identifying new and mostly unexplored gene associations, revealing, for example, that processes linked to response to steroid hormone stimulus are significantly enriched with genes related to HNSCC. The results also showed that piplartine decreases viability and cell migration, and alters expression of genes involved in inflammatory responses. Conclusion: This approach allows the identification of genes related to HNSCC and is able to reveal new associations that deserve to be further studied. Piplartine, the compound selected for in vitro studies, interacts with molecular targets similar to known anti-inflammatory drugs, decreases proliferation and cell migration, and alter the expression of genes associated with HNSCC and inflammatory processes.
Palavras-chave: Neoplasias de Cabeça e Pescoço
Head and Neck Neoplasms
Revisão
Review
Biologia Computacional
Computational Biology
Descoberta de Drogas
Drug Discovery
Área(s) do CNPq: CIENCIAS DA SAUDE
Idioma: por
País: Brasil
Instituição: Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
Sigla da instituição: FAMERP
Departamento: Faculdade 1::Departamento 1
Programa: Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde
Citação: Henrique, Tiago. Abordagem computacional para identificação de marcadores moleculares e de seus ligantes com potencial aplicação no tratamento do carcinoma epidermoide de cabeça e pescoço. 2016. 80 p. Tese (Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde) - Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, São José do Rio Preto.
Tipo de acesso: Acesso Aberto
Identificador do documento: 1293
URI: http://hdl.handle.net/tede/400
Data de defesa: 16-Mai-2016
Aparece nas coleções:Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde

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