@PHDTHESIS{ 2024:1484268378,
 	title = {Investigação molecular e temporal da circulação do SARS-CoV-2 no município de São José do Rio Preto (SP)},
 	year = {2024},
 	url = "http://bdtd.famerp.br/handle/tede/895",
 	abstract = "Introdução: O SARS-CoV-2 é um dos sete coronavírus capazes de causar doenças em
 humanos. O vírus foi detectado pela primeira vez no final de 2019 em Wuhan — China e
 de lá se dispersou para o resto do mundo meses depois, causando a pandemia de COVID-
 19. A doença normalmente se apresenta de forma leve. Idosos e portadores de
 comorbidades são considerados grupos de risco para a forma grave da COVID-19. O
 Brasil foi um país bastante impactado pela pandemia. São José do Rio Preto, município
 do noroeste paulista, foi o terceiro em número de casos de COVID-19 e óbitos em
 decorrência da infecção no estado. O Hospital de Base, centro de saúde referência para a
 região, está localizado na cidade. Apesar de haver diversos estudos após a emergência das
 VOIs e VOCSs, pouco se sabe sobre a história evolutiva do SARS-CoV-2 no início de 2020
 no Brasil. Objetivo: Este estudo teve como objetivo compreender a dinâmica de
 circulação do SARS-CoV-2 em São José do Rio Preto, uma cidade importante no contexto
 da pandemia no estado de São Paulo, de março e novembro de 2020 por meio de
 vigilância genômica. Materiais e Métodos: Para tal, foram utilizadas amostras de
 secreção nasofaríngea de pacientes residentes em São José do Rio Preto com diagnóstico
 molecular positivo para COVID-19 entre março e novembro de 2020. O RNA viral das
 amostras foi extraído e em seguida foi feita reação de RT-gPCR para determinação do
 Cycle threshold (Ct). As amostras foram então selecionadas com base no Ct para as etapas
 de preparo de biblioteca e sequenciamento. Os genomas obtidos foram montados e
 aqueles com cobertura maior ou igual a 90% foram utilizados nas análises filogenéticas
 e filogeográficas. Além disso, foram criados mapas a partir da análise de
 geoprocessamento. Resultados: Ao todo, 627 genomas completos de SARS-CoV-2
 foram gerados no presente trabalho. Entre março e novembro de 2020, as linhagens
 B.1.1.28, B.1.1.33, B.1.1, N.9, Zeta, B.1, B.1.212, B.1.499, N.3 e P.7 estavam circulando
 em São José do Rio Preto. Além de serem as mais prevalentes durante o período do
 estudo, B.1.1.28 e B.1.1.33 foram as primeiras a serem introduzidas no município. Zeta
 e N.9 foram detectadas em março e abril, respectivamente. As linhagens B.1.1.28,
 B.1.1.33 e Zeta se dispersaram em períodos diferentes da região sudeste do Brasil para as
 demais. Os eventos de exportação de B.1.128 e B.1.1.33 de São José do Rio Preto
 ocorreram majoritariamente para a região sudeste, já os de Zeta para a região nordeste.
 Conclusões: Este estudo gerou a maior parte dos genomas de SARS-CoV-2 de São José
 do Rio Preto do ano de 2020. Foi detectada a circulação de 10 linhagens diferentes na
 cidade de março a novembro de 2020. Os dados obtidos mostraram que a origem de Zeta
 foi anterior a julho de 2020, como proposto na literatura, dado que sua primeira detecção
 ocorreu em março de 2020. São José do Rio Preto contribuiu para a disseminação de
 B.1.1.28, B.1.1.33 e Zeta ao longo do território brasileiro.",
 	publisher = {Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto},
 	scholl = {Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde},
 	note = {Faculdade 1::Departamento 1}
}